Организационно-методический центр «Планирование семьи» был создан в октябре 1993 г. на основании распоряжения Администрации Псковской области №478-р от 27.10.1993 года. Распоряжением Администрации Псковской области от 08.10.1996 года № 481-р утверждено Положение об областном центре «Планирование семьи и репродукции». Учреждение функционировало как организационно-методический центр.
Центр создавался в рамках федеральной программы «Планирование семьи». Так как основной задачей центра являлось оказание населению услуг в области планирования семьи, в штатное расписание были введены должности врача акушера-гинеколога и уролога. С 1996 года центр получил название ГУ «Областной центр планирования семьи» (соответствующие изменения были внесены в учредительные документы).
В 1996 г. сотрудники центра стали членами РАПС (Российская ассоциация планирования семьи), поддержка которой была очень существенна: в этот период сотрудники центра активно участвовали в различных семинарах, конференциях, тренингах, проектах, в том числе международных (Швеция, Голландия и др.). Центр регулярно получал методическую литературу, брошюры и буклеты РАПС. В рамках проектов центр снабжался различными средствами контрацепции для бесплатного распространения среди населения.
Центр вёл активную работу по выстраиванию межведомственного взаимодействия. Организовывались и проводились различные совместные мероприятия. Был реализован ряд проектов по охране репродуктивного здоровья на территории области. Осуществлялись выезды в районы Псковской области с целью проведения профилактических мероприятий в области охраны репродуктивного здоровья. Особое внимание уделялось профилактике нежеланной беременности, инфекций, передающихся половым путём, формированию контрацептивной культуры, особенно в молодежной среде.
С 2005 года отделение охраны репродуктивного здоровья создано и в г. Великие Луки.
В 2013 году в результате реорганизации, путем присоединения ГБУЗ «Центр медицинской профилактики» г. Великие Луки к ГБУЗ «Центр планирования семьи и репродукции» г. Псков (Распоряжение Администрации Псковской области от 12.03.2013 № 59-р) создано Государственное бюджетное учреждение здравоохранения Псковской области «Областной центр медицинской профилактики». Центр является самостоятельным юридическим лицом. В своей деятельности ГБУЗ «Областной центр медицинской профилактики» руководствуется приказом МЗ РФ от 30.09.2015 № 683н «Об утверждении Порядка организации и осуществления профилактики неинфекционных заболеваний и проведения мероприятий по формированию здорового образа жизни в медицинских организациях», приказом МЗ РФ от 23.09.2003 N° 455 «О совершенствовании деятельности органов и учреждений здравоохранения по профилактике заболеваний в Российской Федерации», Уставом учреждения.
За период с 1993 по 2010 гг. Центр 6 раз переезжал на новые территории. 7-ой переезд состоялся в августе 2017 года и по настоящее время находится по адресу: г. Псков, ул. Кузнецкая, д. 23.
